Pengamanan tersebut bermula ketika personel Yonif 9 Marinir memperoleh informasi mengenai keberadaan Matius yang sebelumnya menjadi target pencarian aparat. Matius diketahui bergerak meninggalkan tempat persembunyiannya di kawasan Hutan Aisnak, Distrik Moskona, Kabupaten Teluk Bintuni.
Menindaklanjuti informasi tersebut, prajurit Marinir yang telah memantau pergerakan kelompok itu segera melakukan operasi menuju sebuah rumah di Kampung Franeway. Berdasarkan hasil pemantauan, lokasi tersebut menjadi tempat berkumpulnya Matius bersama dua anggota lainnya.
Pelaksanaan operasi dilakukan dengan mengutamakan pendekatan persuasif. Personel Satgas Yonif 9 Marinir melakukan penyergapan secara terukur sehingga ketiga orang tersebut akhirnya menyerah tanpa melakukan perlawanan.