Tujuan utama dari pembangunan Asrama Mahasiswa Nusantara sendiri sebagai sebuah wadah untuk mempersatukan seluruh pemuda dari kalangan perguruan tinggi atau mahasiswa dan mahasiswi yang berasal dari berbagai daerah di seluruh Indonesia, tidak terkecuali mereka yang ada di pelosok Tanah Air seperti orang asli Papua (OAP).
Sehingga dengan adanya tujuan mulia tersebut, nantinya para anak muda yang tinggal dalam satu atap pada asrama yang sama meski memiliki latar belakang saling berbeda, maka bukan tidak mungkin mereka akan saling mengenal dan menghargai budaya masing-masing.
Bukan hanya itu, Wakil Ketua Kelompok Kerja (Wakapokja) AMN Manado dari Badan Intelijen Negara (BIN), Idham Maliuk menambahkan bahwa seluruh generasi muda penerus bangsa juga akan semakin mampu dalam menjaga kerukunan hingga kekompakan guna untuk memperkuat hubungan antar anak bangsa dalam bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).
Sebagai suatu wadah untuk mempersatukan anak muda dari lintas golongan tanpa membedakan, maka di sana seluruh mahasiswa ataupun mahasiswi sangatlah beragam. Berbagai macam suku bangsa, bahasa, budaya, agama dan daerah di Indonesia bertemu serta bersatu padu melalui AMN Manado.
Selanjutnya, tatkala seluruh anak muda sudah penuh akan rasa toleransi, sikap saling menghargai dan menerima meski di tengah perbedaan yang sangat luar biasa majemuk bahkan cukup signifikan, maka pemerintah mengharapkan agar mereka akan menjadi sumber daya manusia (SDM) muda yang unggul dan berkualitas tinggi.
Pasalnya, melalui Asrama Mahasiswa Nusantara, Pemerintah lewat inisiasi BIN benar-benar berupaya untuk tidak sekedar membangun fasilitas atau pekerjaan fisik semata, melainkan juga sekaligus menjadi simbol komitmen sangat kuat untuk menciptakan lingkungan pembelajaran yang kondusif kepada mereka.
