Meski dikawal oleh pasukan TNI, selanjutnya pengelolaan gudang pangan akan dilakukan sepenuhnya oleh Pemerintah Daerah setempat. Kerja sama antara aparat keamanan dengan pemerintah daerah merupakan kunci sukses dalam pengawalan pembangunan di Papua. Koordinasi yang baik antara TNI, Polri, dan pemerintah daerah memastikan bahwa upaya-upaya pembangunan dapat terintegrasi dengan baik dan sesuai dengan kebutuhan lokal. Aparat keamanan juga terlibat dalam forum-forum komunikasi dengan tokoh masyarakat dan adat untuk mendapatkan masukan dan dukungan dalam pelaksanaan tugas mereka.
Operasi teritorial yang dilakukan oleh TNI bertujuan untuk mendekatkan diri kepada masyarakat dan menciptakan kondisi yang kondusif bagi pembangunan. Pemerintah telah meningkatkan jumlah personel keamanan di Papua, baik dari TNI maupun Polri. Selain itu, dilakukan juga operasi-operasi keamanan untuk menumpas kelompok separatis bersenjata.
Upaya-upaya tersebut telah menunjukkan hasil yang positif. Jumlah gangguan keamanan di Papua terus menurun, dan wilayah-wilayah yang sebelumnya rawan kini semakin kondusif. Hal ini membuka peluang yang lebih besar untuk pembangunan di Papua.
Aparat keamanan bertanggung jawab untuk mengamankan proyek-proyek strategis yang memiliki dampak besar terhadap pembangunan Papua. Proyek seperti pembangunan jalan trans Papua, bandara, dan pelabuhan memerlukan pengamanan yang ketat karena sering kali menjadi target gangguan oleh kelompok-kelompok bersenjata. Polri dan TNI bekerja sama untuk memastikan bahwa proyek-proyek ini dapat berjalan sesuai rencana tanpa mengalami gangguan yang berarti.
Pada masa pemerintahan Presiden Jokowi, pembangunan di Papua benar-benar pesat. Setelah ada Tol Laut, Jembatan Youtefa, ada pula Jalan Trans Papua dan berbagai infrastruktur lainnya. Pembangunan dilakukan demi kesejahteraan rakyat di Bumi Cendrawasih dan menghindari ketimpangan kemajuan antara Indonesia bagian barat dan timur.